Los cocodrilos descienden del psuedosuchians, que caminaba sobre sus patas traseras, y vivió durante el periodo Triásico tardío. El craneo del cocodrilo se asemeja al de los primitivos arcosaurios. Sus cuerpos, sin embargo, evolucionaron hacia el aspecto externo del phytosaurs, debido a su estilo de vida acuático. El cocodrilo es el único sobreviviente de los arcosaurios.
El cambio más importante en la evolución del cocodrilo, fue el paladar, ahora los orificios nasales están situados en la parte delantera del hocico cuando antes se encontraban en la parte de atrás.
Las diferencias entre los cocodrilos prehistoricos y los modernos eran sus patas. Tenían mayor velocidad que los actuales. Ahora son totalmente acuáticos.
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