Hay pruebas que indican que la evolución del flamenco data de por lo menos 30 millones de años, quizás más, aunque aún no se han encontrado evidencias tan lejanas. Algunos investigadores creen que son parientes lejanos de las garzas e ibis, también está confirmado que comparten ADN con algunos tipos de patos y gansos. No obstante a muchas de las semejanzas que tiene con estos animales, se les ha categorizado en una especie individual, entre otras causas, por la singular forma de su pico. El sistema de filtrado y la flexibilidad de su cuello también es, probablemente, resultado de la evolución; pues cuando cambió su dieta tuvieron que modificar todo su organismo.
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