Se han anunciado dos hipotesis para explicar el origen de los eucariotas, la endosimbiosis y la autogénesis.
La hipótesis de la endosimbiosis indica que la evolución de las primeras células eucariotas es el resultado de la incorporació permanente de lo que alguna vez fueron células procariotas sisiológicamenre diferentes y autónomas, dentro de una arquea como célula hospedadora.
En un pricipio, un individuo entraría en contacto con una bacteria, al comienzo esa relación podría ser parasitaria, pero con el tiempo ambos individuos podrían llegar a una relación mutualista, el hospedador encontraría ventajas en las características y especialidades del hospedado.
La hipótesis autogénica sostiene que las mitocondrias y los cloroplastos se desarrollaron como consecuencia de las presiones de selección para la especialización fisiológica dentro de una antigua célula procariota.
No obstante, numerosos hechos, tales como la estructura de la membrana,
el tipo de reproducción, la secuencia de ADN y la susceptibilidad a los antibióticos de los cloroplastos y de las
mitocondrias tienden a sustentar la hipótesis simbiogenética.
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