La microbiología fue prácticamente ignorada por las primeras teorías evolucionistas. Esto se debía a la escasez de rasgos morfológicos y la falta de un concepto de especie particularmente entre los procariotas. Estos estudios están revelando niveles totalmente inesperados de diversidad entre los microbios.
En Japón se descubrió la transferencia horizontal de genes. Esta transferencia de material genético entre diferentes especies de bacterias ha jugado un papel importante en la propagación de la resistencia a los antibióticos. Se ha sugerido que la transferencia horizontal de material genético ha jugado un papel importante en la evolución de todos los organismos.
Como parte de la teoría endosimbiótica del origen de los orgánulos, la transferencia horizontal de genes fue un paso crítico en la evolución de eucariotas como los hongos, las plantas y los animales.
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